Le 19e siècle est une période intense de construction d'édifices religieux, corrélée avec la création du diocèse de Moulins et la présence active de nombreux architectes de renom sur le territoire. 

Peu d’édifices religieux sont construits durant l’époque moderne. Les prieurés de Souvigny et d’Yzeure sont largement remaniés, de nouvelles constructions y sont réalisées dont l’actuel bâtiment qui abrite aujourd’hui le lycée Jean Monnet d’Yzeure construit au début du 18e siècle pour loger les bénédictines. Les deux ailes sont cependant des ajouts du 19e siècle. On peut également mentionner l’église de Saint-Martin-des-Lais construite en 1742, la précédente ayant été détruite par un incendie provoqué par un maréchal-ferrant en 1733.

 Le 19e siècle est une période clef dans l'histoire de l'architecture. L’arrivée de Monseigneur de Pons, premier évêque du diocèse à Moulins en 1823 puis de son successeur, Monseigneur de Dreux-Brézé, fils du maître de cérémonie de Louis XVI, aboutit à un important renouveau religieux dans l’ensemble du département. La collégiale de Moulins devient cathédrale et des travaux d’agrandissement se déroulent de 1854 à 1888, sous la conduite des architectes Jean-Baptiste Lassus - également architecte de l'église du Sacré-Cœur de Moulins - puis d’Eugène-Louis Millet. Monseigneur de Dreux-Brézé est l’un des pionniers du mouvement néogothique qu’il impose notamment dans l’orfèvrerie, l’exemple le plus marquant étant la chapelle (ciboire, calice, patène, burettes, plateau) réalisée à l’occasion de son sacre en 1850 par l’orfèvre lyonnais Poussièlgue-Rusand, mais aussi dans les ornements liturgiques. Son rôle est essentiel dans ce renouveau liturgique fortement empreint d’ultramontanisme (tendance, au sein de l’église catholique, qui affirme la primauté du pape sur le pouvoir politique) et de préoccupations sociales. Sous son épiscopat (1850-1893), onze églises du Pays d’art et d’histoire sont construites mais aussi des chapelles privées comme celle, de style néo-roman, du château des Bordes à Couzon, ainsi que des bâtiments pour abriter le séminaire destiné à former les prêtres, comme au Réray à Aubigny. En 1894, le baron d’Aubigny fait don au diocèse de Moulins de son château du Réray à Aubigny, reconstruit en 1884-1885. Le domaine est confisqué par l’État en 1907 et le séminaire est transféré à Yzeure, au château de Bellevue, édifice construit pour les pères jésuites en 1881-1882. Il y restera jusqu’en 1927, année durant laquelle les séminaristes rejoignent le nouveau séminaire de Champfeu, construit à Avermes à l’initiative de Monseigneur Penon. Fermé en 1967, ces bâtiments imposants accueillent aujourd’hui l’Institut de Formation Interprofessionnels de l’Allier (IFI03). Un grand nombre d’églises antérieures au 19e siècle sont également remaniées. Des travaux importants se déroulent ainsi à l’église d’Aubigny restaurée de façon importante au 19e siècle sous l’impulsion du baron d’Aubigny, personnalité proche de Monseigneur de Dreux-Brézé, ou encore dans l’église de Saint-Ennemond fortement remaniée. La date de 1888 apparaît sur le tympan du porche néo-roman. L’église de Lusigny fait également l’objet d’une restauration poussée.  

Le 20e siècle voit la construction, grâce à l’abbé Dumas, de l’église de Villeneuve-sur-Allier en 1904 par l’architecte Michel Mitton, troisième église construite à cet emplacement. L’église Sainte-Jeanne-d’Arc du quartier des Bataillots à Yzeure est plus tardive, construite en 1970-1972. En 1959, Monseigneur Bougon, évêque de Moulins, érige la nouvelle paroisse des Bataillots, indépendante de celle d’Yzeure. En 1968, il est décidé de construire une nouvelle église, les travaux étant trop importants pour rénover celle alors en place. L’architecte Jean-Michel Monier est chargé du chantier qui comprend également des locaux annexes et le presbytère. Il s’achève en 1972. La nef est desservie par une allée centrale, la chapelle en lamellé-collé (technique consistant à obtenir de grandes pièces de bois par collage de plusieurs lamelles de bois entre elles) ne nécessite aucun pilier. L’éclairage naturel est assuré par des canons de lumière verticaux aménagés de part et d’autre du chœur et en façade. Le clocher, à l’avant de la façade de l’église, a été construit en 1977. 

Ces chantiers sont pour le tout nouveau diocèse de Moulins une façon d’affirmer l’importance de l’Église. Après la Révolution, période durant laquelle quantité de lieux de culte ont été désaffectés ou utilisés à des fins diverses, beaucoup d’églises étaient en ruines, il devenait indispensable de les reconstruire. Le choix stylistique pour ces nouvelles constructions s’est essentiellement porté sur le néogothique, même si l’on retrouve quelques édifices néo-romans. Toutefois, même si les formes s’inspirent du passé, des matériaux nouveaux sont employés comme à l’église de Couzon où le clocher est surmonté d’une flèche octogonale en béton. Bien que construite en 1876, la façade présente des formes qui annoncent le style Art Déco. On remarque la sévérité envers ces édifices de l’architecte Marcel Génermont qui écrit en 1938 dans Les églises de France. Allier  « négligeant de restaurer une église le plus souvent romane, les municipalités ou les conseils de fabrique (communauté paroissiale catholique formée de de clercs et de laïcs assurant la gestion des fonds nécessaires à la construction et l'entretien des édifices religieux et du mobilier de la paroisse. Hormis en Alsace-Moselle, les fabriques ont été supprimées en 1905 à la suite de la loi de séparation des Églises et de l'État) l’ont abattue pour la remplacer par une de ces bâtisses "néo-romanes" ou "néo-gothiques", uniformes dans leur banalité ».

Ces édifices sont pour la plupart décorés de peintures murales, souvent de bonne facture. Les peintres Louis Mazzia, d’origine piémontaise, installé à Lapalisse dans l’Allier et Auguste Sauroy, ont ainsi exécuté les décors de l’église de Garnat-sur-Engièvre en 1895. Quant au peintre Paul Taconnet, il réalise les décors des églises de Saint-Léopardin d’Augy en 1882, de Limoise en 1892, de Neuilly-le-Réal en 1896, de la chapelle du Petit-Séminaire du Réray à Aubigny en 1895, année durant laquelle il travaille également à Bourbon-l’Archambault.