L’architecture médiévale constitue un patrimoine de premier plan. Berceau de la dynastie des Bourbons qui ont été durant plusieurs siècles les protecteurs des moines clunisiens implantés à Souvigny, le territoire regorge d’églises médiévales.

Les églises et prieurés

Si Moulins abrite l’ancien château des ducs de Bourbon, dont subsiste le donjon surnommé le Mal-Coiffée et le pavillon Renaissance, Souvigny est un site emblématique. La donation d’Aymard, premier ancêtre connu des Bourbons, aux moines de l’abbaye bourguignonne de Cluny au début du 10e siècle, concerne la villa avec son église de Souvigny. Le monastère devient alors l’une des cinq principales fondations dépendant de l’abbaye de Cluny. Les sires de Bourbon s’implantent à Souvigny et y édifient un château : il subsiste encore des vestiges du château des 14e et 15e siècles. Les sires se font alors enterrer au couvent des cordeliers de Champaigue, à quelques kilomètres du bourg, jusqu’à ce que leurs successeurs, devenus ducs, choisissent à la fin du 14e siècle l’église prieurale comme nécropole.

Après la mort à Souvigny de Mayeul, quatrième abbé de Cluny, le 11 mai 994, puis celle de son successeur, Odilon, le 1er janvier 1049, l’église devient rapidement un lieu important de pèlerinage et le monastère est florissant. La bible de Souvigny, manuscrit enluminé sur parchemin de la fin du 12e siècle, en est un précieux témoignage, de même que les gisants des ducs et de leurs épouses, conservés dans les chapelles dites « Vieille » et « Neuve » de la prieurale. L’église prieurale est un édifice remarquable de l’architecture gothique clunisienne tout en conservant encore des éléments d'architecture romane notables. Des remaniements importants ont été effectués au sein du monastère aux 17 et 18e siècles avec la reconstruction des logements des moines et du prieur, la construction de la porterie ou encore de la sacristie réputée pour son ensemble de panneaux sculptés de la fin du 18e siècle, œuvre du sculpteur dijonnais Marlet. Face à la prieurale, subsiste l’ancienne église romane Saint-Marc du 12e siècle qui figure sur la première liste des monuments historiques de Mérimée de 1840. Elle était séparée de la prieurale par le cimetière.

Plusieurs paroisses du territoire du Pays d’art et d’histoire étaient placées sous la dépendance du prieuré de Souvigny : Bresnay, Chemilly, Bressolles, Marigny, Coulandon, Avermes, Limoise, Neure, Le Veurdre, Gennetines, mais aussi les moines du prieuré de Montempuis à Saint-Parize-en-Viry et les chanoines de la collégiale de Moulins. Mis à part Bressolles, Avermes et Limoise où les églises ont été reconstruites au 19e siècle, ces communes conservent leur église médiévale dans lesquelles se devine l’empreinte de Cluny, notamment à travers les éléments sculptés comme les portails avec leurs voussures très ornées ou les chapiteaux. Un, voire deux édifices de l’époque médiévale, sont ainsi conservés dans plus de la moitié des communes. Malgré l'empreinte clunisienne sur le territoire, d'autres abbayes y exercent leur influence comme l'abbaye bénédictine de Tournus au travers des églises de Besson et Bessay-sur-Allier notamment ou encore l’abbaye bénédictine de Saint-Menoux avec Yzeure où l’église, avec ses chapiteaux ornés et son portail du 12e siècle, est à la fois prieurale et paroissiale. Quant au prieuré de Moladier à Besson, dont il subsiste une partie de l’escalier à vis et le logis prieural à pans de bois, il dépendait de l’abbaye Saint-Gilbert de Neuffontaines implantée à Saint-Didier-La-Forêt, dans le sud du département de l’Allier, puis plus tard, du couvent des minimes de Moulins.