Le rattachement du duché de Bourbon à la Couronne de France marque un tournant dans l'histoire politique du Bourbonnais. Considéré comme l'un des plus importants duchés du royaume à la fin du Moyen Âge, il devient une simple province.
L'Ancien Régime (16e - 18e siècle)
La confiscation des biens du connétable en 1527 puis le rattachement du duché à la Couronne marque un tournant dans l’histoire politique du Bourbonnais qui, après avoir été le cœur d’un état princier d’envergure, devient une simple province. Il devient le cœur de la généralité (circonscription financière et juridique administrée par un intendant) de Moulins créée en 1587 et dont Moulins en est la capitale. Le duché subsiste en tant qu’entité domaniale. Il fait partie du douaire (en droit ancien, biens réservés par le mari à son épouse dans le cas où celle-ci lui survivrait) des reines mères, Catherine de Médicis séjourne quelques mois à Moulins en 1566 avec le roi Charles IX et le chancelier Michel de l’Hospital. Ce séjour aboutit à la signature de l’ordonnance de Moulins qui limite notamment les pouvoirs des parlements et des gouverneurs, ainsi que de l’Édit de Moulins, règlement portant sur les domaines du roi. Louise de Lorraine meurt à Moulins en 1601. Dès 1523-1527, les institutions ducales avaient disparu avec le transfert à Paris des archives de la Chambre des Comptes. Le territoire est intégré dans l’armature administrative et judiciaire de la monarchie. Les officiers des ducs se sont adaptés à la nouvelle donne politique et se sont placés sans difficulté sous l’autorité du roi.
Le Bourbonnais souffre épisodiquement des guerres de Religion. Pendant trente ans, combats et pillages localisés affectent la région, en particulier les édifices religieux. À Moulins, le château de Foulet devient le lieu de rencontre des protestants (dont les vestiges se situent sur les limites communales de Moulins-Yzeure, aujourd'hui à Yzeure). Ces derniers forment probablement une population assez nombreuse puisque le roi Charles IX nomme en 1562 Jean de Marconnay, seigneur de Montaret, gouverneur du Bourbonnais. Homme violent et brutal, il fait dès son arrivée exécuter deux artisans considérés comme des chefs locaux protestants. Il expulse également des habitants de Moulins suspectés d’hérésie. On peut noter comme faits notoires durant ces sombres années, l’attaque de la ville de Moulins en 1562 par une armée protestante conduite par les seigneurs de Saint-Aubain et de Poncenat. Les couvents des faubourgs de Moulins, mais aussi le prieuré d’Yzeure et l’abbaye de Saint-Menoux ont également été pillés lors de cette attaque qui aboutit au massacre par les Moulinois de deux protestants notoires, le seigneur de Foulet et l’avocat Brisson. En 1566, une tentative de réconciliation entre les chefs des deux partis représentés par le duc de Guise et l’amiral de Coligny se déroule à Moulins, lors de la venue de Catherine de Médicis et sous l’égide de Michel de l’Hospital, mais sans succès. Dès la promulgation de l’Édit de Nantes, une liberté de culte est accordée aux protestants dans plusieurs villes du Bourbonnais, dont Moulins.
L’arrivée de la duchesse de Montmorency à Moulins suite à la condamnation et la décapitation de son époux le duc Henri II de Montmorency et son attachement à l’ordre de la Visitation qu’elle intègre en 1641, s’inscrit dans un contexte de renouvellement religieux du territoire. Elle finance la reconstruction du monastère de la Visitation de Moulins et de sa chapelle dans laquelle elle fait installer un mausolée à la gloire de son époux et dont le chœur des religieuses conserve son plafond peint du 17e siècle. On retrouve les chartreux à la ferme de Montmalard à Bresnay, où ils exploitent les vignes et les mines d’antimoine, ou les augustins au prieuré Notre-Dame de Lorette du Veurdre. Aux 17e et 18e siècles, le Bourbonnais est un territoire où la tranquillité règne, loin des frontières avec les pays étrangers. Le territoire est avant tout agricole, l’intendant de Pommereu écrit en 1665 que « la richesse n’y est pas grande, il n’y a pas aussy de pauvreté considérable, on y vit aisément ; il s’y fait commerce d’huiles, de bleds et de bestiaux [sic] ».
À l’instar des guerres de Religion, la Fronde (1648-1653) touche peu le Bourbonnais. Jusqu’à la Révolution, le Bourbonnais reste en dehors des conflits qui agitent le royaume. L’activité culturelle perdure. Les commandes, dès la fin du 17e siècle, concernent essentiellement l’urbanisme et les embellissements des villes, notamment Moulins. Les intendants qui exercent l’autorité royale sur l’étendue de la juridiction sont à l’origine de ces grands projets. Jean-Louis de Bernage, qui occupe cette fonction entre 1744 et 1756, est à l’initiative de la construction par l’ingénieur Louis de Régemortes du pont permettant de traverser l’Allier à Moulins (1753-1763). À la même période, Octave Trésaguet de l’Isle est chargé de la construction du pont de Chevagnes, traversant l’Acolin, à l’occasion de l’aménagement de la nouvelle route allant de Moulins à Autun. Le successeur de Louis de Bernage, Amable de Bérulle, ordonne l’ouverture de la route qui deviendra la Nationale 7 et fait construire un château d’eau rue de Bourgogne à Moulins. Le comblement des fossés à Moulins et leur aménagement en cours est à replacer dans le cadre de ces embellissements des villes. Jacques de Bercy fait relier la porte de Paris à l’Allier par un large boulevard : les cours de Bercy. Souvent, ces grands projets ne sont malheureusement pas achevés. Jacques de Flesselles fait édifier à Moulins la porte de Paris, mais la porte de Lyon qui devait lui faire pendant n’a jamais été construite. Le fait que les intendants ne restent que peu de temps à Moulins, le Bourbonnais étant un territoire dont on avait la charge en début de carrière avant d’aller exercer des responsabilités dans des généralités plus importantes, peut expliquer l’inachèvement de nombreux chantiers.
La période révolutionnaire
Le territoire du Pays d’art et d’histoire de Moulins Communauté et la province du Bourbonnais en général, n’ont pas véritablement connu les troubles qui ont précédé la réunion des États généraux de 1789. Pourtant, comme dans tout le royaume, la situation économique et sociale n’est pas bonne, à la suite notamment de plusieurs années de mauvaises récoltes. Des cahiers de doléances sont rédigés et les représentants élus participent aux États généraux. Un décret publié le 26 février 1790 met en place les départements. Parmi eux figure celui de l’Allier dont les limites sont définies au terme de négociations conduites avec les députés des provinces voisines. Moulins, capitale de l’ancienne généralité et ville la plus peuplée, est choisie comme chef-lieu de la nouvelle entité administrative. Les hommes élus au directoire du département et aux directoires de district ne sont pas des hommes nouveaux. La plupart d’entre eux avaient été, avant la Révolution, des titulaires d’offices royaux et faisaient partie de l’Assemblée provinciale ou des assemblées départementales de 1788. Dans la Constitution civile du clergé, votée par l’Assemblée constituante le 12 juillet 1790, est également prévue la création d’un diocèse par département. Louis XVI avait par ailleurs décidé avant la Révolution de la création de l’évêché de Moulins. L’évêque constitutionnel choisi pour le nouveau diocèse de Moulins est l’abbé Laurent, député à la Constituante.
L’installation du nouveau régime est accueillie passivement par la population bourbonnaise et les problèmes du temps n’intéressent finalement qu’une minorité de bourgeois installés dans les villes les plus importantes. C’est ainsi qu’est créée à Moulins, en 1791, une Société des Amis de la Constitution. Les nouveaux dirigeants du département sont de tendance modérée, ne déployant pas un grand zèle révolutionnaire. Toutefois, une centaine de prêtres réfractaires ont dû quitter le département et les couvents sont fermés. Les prêtres réfractaires n’ayant pas fui sont arrêtés et regroupés dans l’ancien monastères des clarisses de Moulins avant d’être envoyés sur les pontons de Rochefort. Les gisants de l’église de Souvigny font partie de la vague de destruction menée en 1793, année de la Terreur durant laquelle les troubles ont été les plus importants. Le séjour de Fouché est lourd de conséquences, même si son passage n’a été que de courte durée. Son attitude anti-religieuse et sa visite se traduisent par la mise en place d’un Comité central de Surveillance à Moulins, en lien avec les comités de districts et chargé de poursuivre les adversaires du régime. Ce Comité mène une violente politique anti-religieuse et procède à des arrestations arbitraires. L’évêque Laurent démissionne et renonce au sacerdoce avant de s’installer au domaine de Mibonnet à Toulon-sur-Allier. Après le passage de Fouché, trente-trois suspects amenés à Lyon sont guillotinés. Il nomme également de nouveaux fonctionnaires en remplacement de ceux qu’il avait révoqués. Plusieurs communes sont débaptisées : Lurcy-Lévis devient Lurcy-le-Sauvage et Toulon-sur-Allier devient Mont-la-Loi.
Les administrateurs du département, « pour faire oublier leur relative modération », ont appliqué avec sévérité les mesures décidées contre les monuments. La vente des biens nationaux a pris une grande ampleur dans le département au vu des 150 communautés religieuses qui y étaient installées. Lors du séjour de Fouché dans l’Allier, qui impose une intense activité destructrice, beaucoup d’objets religieux sont détruits lors de la fête civique organisée le 29 septembre 1793 à Moulins. Après cette période fortement troublée, le consulat est accueilli sans protestation et le premier préfet s’installe à Moulins en 1800.