Au Moyen Âge, le territoire est marqué en profondeur par le développement de la seigneurie puis du duché de Bourbon dans le Bourbonnais et au-delà des frontières de l'Auvergne.
La seigneurie de Bourbon
La documentation concernant les périodes mérovingiennes et carolingiennes est très fragmentaire. Le territoire est partagé entre les comtés d’Auvergne, de Berry et d’Autun. Des vigueries (circonscriptions administratives carolingiennes) se partagent le territoire. En 778, une grande partie du futur Bourbonnais est englobée dans le royaume d’Aquitaine qui disparaît en 877 lorsque son dernier roi, Louis le Bègue, accède au trône de France. L’Aquitaine est morcelée en grands commandements que Louis le Pieux, à la fin du 9e siècle, regroupe en grande partie pour en faire une principauté. Il possédait notamment les comtés de Bourges et d’Auvergne. C’est sous son principat qu’apparaît la seigneurie de Bourbon, construction féodale ne correspondant à aucune circonscription administrative antérieure et dont l’emplacement, aux confins de zones en déficit de pouvoir comtal, favorise le développement.
Un certain Aymard fait don en 915-920 de sa villa (édifice à vocation résidentielle et agricole) de Souvigny, avec l’église dédiée à Saint-Pierre, à l’abbaye de Cluny fondée quelques années plus tôt par Guillaume le Pieux, comte d’Auvergne et de Berry et duc d’Aquitaine. Aymard, peut-être viguier de Deneuvre, est le premier membre connu de la famille de Bourbon. Bien que les relations entre les premiers sires de Bourbon, installés à Souvigny, et les moines clunisiens soient parfois conflictuelles, les successeurs d’Aymard ne cessent d’être les protecteurs du prieuré qui se développe considérablement aux 11e et 12e siècles. Il est un fondement de la puissance des seigneurs de Bourbon qui s’appuient également sur leur château de Bourbon-l’Archambault, dont la première mention apparaît dans un acte de 953, pour étendre au fil du temps leur domination et agrandir leur territoire aux dépens de leurs voisins.
Moulins, qui n’est au 10e siècle qu’une villa vendue en 990 aux moines de Souvigny, devient le point d’appui de l’extension bourbonnaise en direction de l’Autunois et du Nivernais. L’existence d’un château à Moulins n’est toutefois pas signalée dans les documents avant 1049 et le premier acte connu d’un sire de Bourbon, daté de cette ville, ne remonte qu’à 1214. En 1120, Archambaud VII succède à son père Aimon et épouse la belle-sœur du roi des Francs Louis VI, Agnès de Savoie. Dès lors, les rapports sont excellents entre la royauté et les sires de Bourbon. Archambaud VII fait preuve d’une constante fidélité à l’égard de Louis VI et de Louis VII qu’il accompagne lors de la seconde croisade (1145-1148). Sa petite-fille Mahaut épouse Guy II de Dampierre. En récompense de sa lutte contre les Anglais, le roi de France Philippe-Auguste lui accorde l’importante seigneurie de Montluçon qui entre ainsi dans le domaine des Bourbons. Guy II de Dampierre dirige la conquête de l’Auvergne pour le compte du roi, de 1198 à 1213 : les enclaves bourbonnaises en Auvergne se multiplient alors. Archambaud VIII puis Archambaud IX meurent au service du roi saint Louis (Louis IX). La petite-fille d’Archambaud IX, Béatrix de Bourbon, épouse en 1276 Robert de Clermont-en-Beauvaisis, sixième fils du roi Louis IX. Cette alliance se traduit pour la maison de Bourbon par un accroissement de prestige, mais également de puissance territoriale, Robert apportant avec lui le comté de Clermont-en-Beauvaisis. Avec ce mariage, les Bourbons intègrent la famille royale capétienne.
Le duché de Bourbon
En 1327, la seigneurie est érigée en duché. Louis, fils de Béatrix et Robert de Clermont-en-Beauvaisis devient le premier duc de Bourbon. Comme son fils Pierre Ier, il est l’un des grands officiers de l’entourage royal et continue la politique d’accroissement territorial de ses ancêtres. Pierre Ier est tué à Poitiers en 1356. Le Bourbonnais a acquis à cette époque à peu près les limites qu’il conservera jusqu’à la fin de l’Ancien Régime. L’origine et la diversité de la seigneurie expliquent le caractère imprécis et mouvant de ses frontières, sans cesse discutées et négociées entre les officiers des ducs et les seigneurs voisins. Toutefois, le cœur du duché ne cesse d’être le secteur Moulins – Souvigny – Bourbon-l'Archambault, où se concentrent les organes décisionnaires.
Le principat du duc Louis II, marqué par la guerre de Cent ans, constitue un tournant. Il permet au duché de s’affirmer moralement et administrativement et installe ainsi à Moulins en 1376 une Chambre des comptes du Bourbonnais qui enregistre les ordonnances ducales, y compris celles concernant le Forez et le Beaujolais. Le duc instaure un véritable État princier, avec une politique indépendante. Le rôle politique de Louis II mérite également d’être souligné. À la mort du roi de France Charles V, il participe en tant que beau-frère du roi au « gouvernement des oncles » qui assumait le pouvoir de fait, pendant la minorité du jeune Charles VI. De plus, sa sœur Jeanne de Bourbon était l’épouse du roi Charles V. Depuis longtemps dans l’entourage du roi, les ducs de Bourbon accèdent pour la première fois aux responsabilités royales. Louis II a également été un négociateur du traité de Brétigny et a été retenu prisonnier à Londres comme otage en échange de la libération du roi Jean II le Bon, entre 1360 et 1366. Il n’y a pas eu sur le territoire de batailles importantes ni d’opérations continues durant la guerre de Cent ans. La seule chevauchée anglaise qui traversa la contrée fut celle du duc de Lancastre en 1373, affectant notamment Villeneuve-sur-Allier. Le duché souffre avant tout des incursions de routiers (entre le 12e et le 15e siècle, soldats démobilisés organisés en bandes armée pillant les territoires sur lesquels il vivent) de toutes origines. Ainsi, en 1369 des routiers gascons s’emparent du château de Belleperche, sur l’actuelle commune de Bagneux, et retiennent prisonnière Isabelle de Valois, mère du duc Louis II et belle-mère du roi Charles V. Louis II mène alors durant trois mois le siège de Belleperche. Isabelle de Valois n’est cependant libérée que deux ans plus tard contre rançon.
Au 15e siècle, le duc de Bourbon devient un prince dont le territoire possède des institutions semblables à celles de la royauté.
Les successeurs de Louis II ont désormais un droit de regard et de contrôle sur la politique royale. Jean Ier meurt à la bataille d’Azincourt (1415), son fils Charles Ier lui succède. Leurs principats sont avant tout marqués par le conflit entre les Armagnacs et les Bourguignons. Ces derniers ravagent les faubourgs de Moulins en 1412, mais cette lutte ne modifie pas la politique bourbonnaise. Les trois fils de Charles Ier et d’Agnès de Bourgogne prennent ensuite la tête du duché. À Jean II, qui s’efforce de résister aux efforts de la royauté pour diviser le duché de Bourbon, succède Charles II, cardinal-archevêque de Lyon, qui se désiste rapidement au profit de Pierre II. Ce dernier, sire de Beaujeu, avait épousé Anne de France, fille du roi de France Louis XI. L’avènement du nouveau couple ducal entraîne la restitution intégrale de l’État bourbonnais, auquel s’ajoutent d’autres seigneuries. C’est alors la période d’apogée du duché.
À la mort de Pierre II, son épouse reçoit l’administration de tous ses biens, en attendant le mariage de leur fille unique Suzanne. Cette dernière épouse en 1505 son cousin, Charles de Bourbon-Montpensier qui devient Charles III, duc de Bourbon. Nommé connétable (grand officier de la Couronne, commandant en chef des armées royales) à l’avènement de François Ier, il est l’un des plus grands seigneurs du royaume. Il entre toutefois en conflit avec le roi de France. Cette lutte est à replacer dans le contexte de la volonté d’unification du royaume mise en place par les rois de France depuis près d’un siècle et qui trouve son aboutissement sous le règne de François Ier avec l’absorption des derniers états princiers, en particulier le duché de Bourbon. À la mort de Suzanne en 1521, un long procès débute, faute d’héritiers directs, entre Charles III et Louise de Savoie, mère de François Ier, qui réclame sa part d’héritage en qualité de descendante des Bourbons. En 1523, un arrêt du Parlement de Paris met tous les domaines en litige sous séquestre. Le connétable conclut alors une alliance avec l’envoyé de Charles Quint dont le roi a connaissance. Le seigneur bourbonnais Jacque II de Chabannes, maréchal de La Palice, est chargé d’arrêter Charles III qui s’enfuit dans la nuit du 7 au 8 septembre 1523, rejoignant les troupes de Charles Quint. En 1527, il est tué lors du siège de Rome. Cette même année, ses biens sont confisqués et les possessions ducales sont définitivement rattachées à la Couronne au début de l’année 1532.
L'apport de l'archéologie pour la période médiévale
Les fouilles archéologiques se sont révélées fructueuses pour la période médiévale et ont permis d'approfondir les connaissances du territoire, notamment sur les mottes castrales et maisons-fortes, le bourg monastique de Souvigny et le palais ducal de Moulins.
L'exemple des mottes castrales et des maisons-fortes
Des travaux importants ont été menés sur les mottes castrales qui se développent aux 10e-11e et 12e siècles et s’implantent en Bourbonnais, comme les maisons-fortes (demeures munies d'éléments défensifs), à l’écart des villages. Le territoire sur lequel elles s’implantent est largement exploité. Ces buttes de terre de forme circulaire, surmontées d’une plateforme sommitale et entourées de profonds fossés, aujourd’hui comblés, se retrouvent sur tout le territoire. Si beaucoup ont été arasées, certaines sont bien préservées dans les zones forestières notamment en Sologne bourbonnaise comme celle des Maîtres-Jean à Gannay-sur-Loire, inscrite au titre des Monuments Historiques, ou encore dans le secteur de Lurcy-Lévis. En 2007, à Chevagnes, des vestiges de bois provenant d’un pont-levis qui permettait d’accéder à une maison-forte, ont été retrouvés à l’emplacement des douves. Datés par dendrochronologie (méthode de datation qui étudie la variation des largeurs de cernes de croissance des arbres) de l’hiver 1360/1361, une reconstitution expérimentale du pont-levis a été faite. Il s’agit actuellement du plus ancien retrouvé en France. Cette découverte a été faite lors de travaux d’aménagement à Chevagnes et a abouti à la mise au jour de plusieurs enclos médiévaux identifiés comme des maisons-fortes. Dès le 13e siècle, Chevagnes héberge une importante activité métallurgique, alliant l’extraction du minerai de fer local à sa transformation. Cela confirme le rôle résidentiel, défensif et économique de ces édifices seigneuriaux sur plates-formes circulaires entourées de fossés. Ces découvertes font de Chevagnes un site essentiel pour le Moyen Âge en Bourbonnais.
Dans beaucoup de communes, les fouilles ont également permis de mettre au jour un grand nombre de nécropoles (agglomération de sépultures) à sarcophages, situées autour des églises. Cela est le cas à Auroüer où de nombreuses mottes féodales ont également été recensées. Il subsiste des ruines de la maison-forte de La Motte, au lieu-dit L’Arizolle qui fut le centre d’une seigneurie englobant de nombreux domaines. Dans les années 1950, à Aubigny, à côté du cimetière, des vestiges d’une église du Haut Moyen-Âge (du 5e au 11e siècle) ont été retrouvés. À Limoise, une enceinte médiévale du 13e siècle a été découverte. Occupant une surface de 20 à 30 hectares, il s’agirait d’un projet de fortification avorté. Il subsiste des vestiges d’anciennes douves.
Les fouilles archéologiques à Souvigny
Les fouilles menées à Souvigny depuis le début des années 2000 ont conduit à des découvertes majeures pour l’histoire de la commune et du Bourbonnais. Le 2 novembre 2001, une équipe d’archéologues identifie l’emplacement des tombeaux des deux saints abbés de Cluny, Mayeul et Odilon, inhumés à Souvigny autour de l’an Mil et qui ont fait la gloire du monastère. Au fond de la fosse sont retrouvés les vestiges des gisants sculptés. Les seuls témoins de ces tombeaux étaient des reliefs conservés depuis le 19e siècle qui avaient reçu le surnom de « tombeau de saint Mayeul », un mauvais plan et le dessin du monument funéraire datant tous deux du 18e siècle. En 2009, à l’occasion de l’ouverture de la première tranche des travaux de l’église, le monument funéraire reconstitué a été inauguré. Les deux gisants ont retrouvé leur place au centre de la nef de l’église prieurale.
De 2009 à 2013, les travaux de réaménagement du bourg de Souvigny ont été accompagnés de fouilles préventives apportant des informations inédites sur l’histoire de l’occupation du site, principalement au Moyen Âge. Des tombes du 9e siècle ont été découvertes sur le parvis de l’église Saint-Marc, ce qui incite les archéologues à localiser dans ce secteur l’église Saint-Pierre mentionnée dans les textes du début du 10e siècle. D’importantes zones d’inhumation des 10e et 11e siècles couvrent une surface de plus de deux hectares au cœur de la commune et les tombes fouillées révèlent une grande variété dans les pratiques funéraires et les types de contenants dont la reconstitution est facilitée par la conservation des bois (cercueils monoxyles, coffrages en bois en bâtières, coffrages en bois trapézoïdaux, fosses associées à des couvrements en bois …). À ce jour, le mode d’inhumation en coffrage en bâtière n’est connu qu’à Souvigny, aucune autre découverte comparable n’étant recensée en France. Des vestiges d’une porte de l’ancienne enceinte de la ville ont été exhumés et plusieurs portions de rues médiévales ont été étudiées. Les réfections successives des chaussées, du bas Moyen Âge à l’époque moderne, forment une stratigraphie dont l’épaisseur peut dépasser un mètre. Au niveau hydraulique, un aqueduc moderne constitué de blocs de grès taillés, a été suivi sur plus d’une centaine de mètres. Peu d’éléments ont été retrouvés concernant le bâti du fait que les zones explorées correspondent à des axes de circulation déjà existants au Moyen Âge. Néanmoins, des vestiges de plusieurs bâtiments ont été identifiés aux abords du château, certains devaient dépendre de l’ancienne résidence des Bourbons.
Il faut également signaler que des éléments mobiliers protohistoriques ont été découverts ainsi que des vestiges témoignant de l’occupation du site durant le Haut Empire (1er / 3e siècle) et le Bas Empire (4e / 5e siècle). Dès l’époque mérovingienne, le site accueille des constructions sur poteaux et l’agglomération se développe durant la période carolingienne. Plusieurs vestiges de bâtiments carolingiens ont été explorés dont un qui pourrait avoir abrité un espace réservé à la préparation des aliments.
Le palais ducal de Moulins
D’autres fouilles d’envergure ont été menées de 2011 à 2013 sur le site du palais ducal de Moulins et contribuent là encore à la connaissance de l’histoire du duché du Bourbonnais. Il ne subsiste de l’ancien château des ducs de Bourbon à Moulins que la tour maîtresse, la « Mal-Coiffée », devenue prison à la fin du 18e siècle, l’amorce du bâtiment de la grande salle et l’escalier d’honneur qui la desservait, ainsi que le pavillon dit « Anne-de-Beaujeu ». La première phase de fouille a concerné la cour des Hommes, cour de promenade de la prison. Deux grandes pièces ont été mises au jour : la pâtisserie et l’office du château, chacune comprenant une cheminée monumentale de la fin du 15e siècle. Du mobilier et des blocs sculptés ont également été découverts ainsi que des fragments d’éléments architecturaux. D’autres caves, une citerne et un escalier donnant sur la cour d’honneur ont également été dégagés.